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水質檢測范圍有地表水、農田灌溉水、地下水和畜禽養殖水四大類，其中包括物理指標、非專一性無機物指標、非專一性有機物指標、專一性無機物指標、生物指標等。具體各個指標見下表。
| 地表水 |
石油類、鉻（六價）、硫酸鹽、（以SO42-計）、鐵、氨氮、錳、氯化物（以Cl-計）、(總)鋅、硫化物、揮發酚、(總)鎘、(總)砷、pH、溶解氧、高錳酸鹽指數（耗氧量）、化學需氧量、氰化物、(總)銅、氟化物（以F-計）、硝酸鹽（以N計）、(總)汞、水溫、(總)鉛、總磷、硼、五日生化需氧量（BOD5） |
| 農田灌溉水 |
懸浮物、全鹽量、五日生化需氧量（BOD5）、化學需氧量、總磷、水溫、pH、氯化物（以Cl-計）、硫化物、總汞、總砷、石油類、總鎘、總鉛、總銅、總鋅、氟化物、（以F-計）、氰化物、六價鉻 |
| 地下水 |
渾濁度/NTU、亞硝酸鹽（以N計）、總硬度、色（鉑鈷色度單位）、pH、硫酸鹽（以SO42-計）、氯化物（以Cl-計）、鐵、錳、砷、銅、鋅、鎘、鉛、鉻(六價）、揮發酚、硝酸鹽（以N計）、氟化物、氰化物 |
| 畜禽養殖用水 |
肉眼可見物、臭和味、色（度）、渾濁度、pH、氟化物、（以 F-計）、氰化物、（總）砷、（總）汞、（總）鎘、（總）鉛、鉻（六價） |
